Q: Estou a usar o wowslider no meu site. Tenho um slideshow com imagens com orientação paisagem e retrato. Quando uma imagem vertical é mostrada, as áreas não cobertas ficam completamente brancas. Existe uma forma de mudar a imagem de fundo, para que seja transparente ou para que a imagem de fundo do site seja visível? Ou simplesmente, para que a cor se misture mais facilmente?

A: Se quiser usar fundos transparentes, deve usar imagens .pgn.

Mas pode mudar para imagens .png de forma manual.
1) Envie as suas imagens .png para a pasta data/imagens
2) Mude o formato das imagens no código .html gerado. Por exemplo:

...
<img src="data1/images/image1.jpg" alt="" title="" id="wows1"/>
...

Infelizmente, é impossível mudar o fundo de uma imagem. Apenas o pode fazer em qualquer editor de imagens.