Q: Só uma pergunta rápida. O seu slider funciona com imagens transparentes? É para quando há uma imagem de fundo que deve se sobrepor a outra imagem para completar um pedaço.

A: Você pode usar imagens .png.

Na verdade, o WOWSlider gera apenas imagens em .jpg.
Mas você pode mudá-las para imagens .png manualmente.
1) Envie suas imagens .png para a pasta data/images
2) Substitua o formato das imagens no código .html gerado. Por exemplo:

...
<img src="data1/images/image1.png" alt="" title="" id="wows1"/>
...